学校设有物流研究中心、水运经济科学研究所、港口机械工程设计研究所、航海科学技术研究所、海商法研究中心、海洋文化研究所等与航运有关的科研机构，以及上海港口机械质量检测中心、全国海洋运输情报网等为航运业提供咨询与科技服务的机构。学校主办并公开出版《上海海事大学学报》、《集装箱化》、《水运管理》以及《计算机辅助工程》等学术刊物。　

　　九十年代中期，学校先后实施了旨在提高专业学科水平和本科办学质量的“攀登计划”和“育才工程”。2000年起学校全面实施师资队伍建设、学科建设，全面提高教学质量和素质教育等4个“推进计划”，使学校各项工作进入强调内涵发展的新阶段。学校年科技经费超过5000万。获一批国家级科研项目及一大批部市级以上科技进步奖。其中，“现代集装箱码头智能化生产关键技术”获2004年国家科技进步二等奖。　　

　　学校重视并不断发展与国外（境外）的交流与合作。先后与18个分布在美国、荷兰、英国、日本、波兰、瑞典、韩国、澳大利亚、新加坡、埃及、土耳其、越南以及中国台湾和香港地区的高校建立了合作与交流关系。留学生的招生规模不断扩大。　　

　　占地2000亩的上海海事大学新校区将于2007年在临港新城建成。我校正充分利用这一有利时机，立足航运，依托上海，服务全国，面向世界，充分发挥自身的专业特色和学科优势，为把上海海事大学建成世界高水平的海事大学而努力奋斗。