学科建设
是高校科学研究和人才培养和重要基础，学科的综合实力体现了学校的水平，世界一流大学都有若干学科位居世界前列。东南大学现有5个一级学科国家重点学科，5个二级学科国家重点学科，1个国家重点（培育）学科，6个江苏省国家重点学科培育点，16个江苏省重点学科，16个一级学科博士学位授权点。
国家重点学科
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一级学科重点学科
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电子科学与技术 |
物理电子学
电路与系统
微电子学与固体电子学
电磁场与微波技术 |
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信息与通信工程 |
通信与信息系统
信号与信息处理 |
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建筑学 |
建筑历史与理论
建筑设计及其理论
城市规划与设计
建筑技术科学 |
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交通运输工程 |
道路与铁道工程
交通信息工程及控制
交通运输规划与管理
载运工具运用工程 |
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生物医学工程 |
不分设二级学科 |
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二级学科重点学科 |
艺术学 |
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热能工程 |
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控制理论与控制工程 |
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计算机应用技术 |
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结构工程 |
国家重点(培育)学科
机械制造及其自动化
国家重点学科培育点
机械制造及其自动化 精密仪器及机械 热能工程
物理电子学 防灾减灾工程及防护工程 道路与铁道工程
江苏省重点学科
艺术学 学习科学 电力系统及其自动化 电机与电器
材料学 岩土工程 微电子学与固体电子学 计算机软件与理论
遗传学 应用化学 影像医学与核医学 管理科学与工程
伦理学 应用数学 劳动卫生与环境卫生学 制冷及低温工
一级学科博士学位授权点
建筑学 机械工程 电子科学与技术 信息与通信工程
光学工程 生物医学工程 控制科学与工程 材料科学与工程
电气工程 交通运输工程 管理科学与工程 环境科学与工程
土木工程 仪器科学与技术 计算机科学与技术 动力工程及工程热物理